L'histoire de Trinity Seven suit l'adolescent Arata Kasuga qui vit avec sa cousine Hijiri Kasuga. Un jour, sa vie bascule et est anéantie par un incident mystérieux connu comme le phénomène d'effondrement qui provoque la destruction du monde entier qui n’existait en réalité que dans un monde virtuel qu’il a lui même crée à l’aide d’un mystérieux Grimoire. Sa cousine Hijiri a été transportée dans ce nouveau monde, et pour la ramener, Arata s'inscrit à l'académie Royal Biblia ou l'attendent sept jolies magiciennes, les Trinity Seven.

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